軟式隱形眼鏡比硬式的氧滲透率還低，長久配戴者，容易造成角膜缺氧，導致角膜內皮細胞數目減少，由於角膜內皮細胞無法再生，致使眼睛角膜年齡提早老化。硬式隱形眼鏡好處是透氧率比軟式眼鏡較高，鏡片壽命與適應期也比較長，感染率較低，若沒有做好正確清洗程式，也是會引發眼睛感染。
隱形眼鏡的可能併發症：
1.巨大乳突性結膜炎
巨大乳突性結膜炎是隱形眼鏡族的專利，通常只要停止配戴一段時間就會痊癒，但繼續配戴就有可能再次復發，通常引起的原因是結膜對隱形眼鏡材質或眼鏡表面的蛋白質沉積物過敏。症狀是配戴隱形鏡時眼睛會發癢，有黏液分泌物，上眼皮有異物感，視力模糊又無法久戴。
上眼皮有異物感、眼睛癢有黏液分泌物、戴隱形眼鏡有霧視。
2.淺表層點狀角膜炎
長時間配戴隱形眼鏡，最好不要戴過夜，因為會導致角膜上皮細胞因缺氧而水腫，易脫落造成破皮，因為角膜沒有血管，產生抗體少，白血球等抗發炎的細胞不易進入角膜，所以一但異物入侵就容易感染而造成角膜潰瘍，即使痊癒也會留下白色混濁的瘢痕，如果擋住瞳孔影響視力，嚴重甚至失明。
異物感、充血、刺痛 ※ 輕度情況無症狀。
3.眼表面破皮
長久戴隱形眼鏡，無法清洗消毒鏡片的沉積物會開始腐化刺激眼睛，主要原因是隱形眼鏡與眼球表的之間的淚液無法正常流動，加上使用超過正常期限的隱形眼鏡，會吃掉眼睛的表面細胞，開始出現淺表層點撞破皮現象。以上現象，平時使用者不會發現，往往等到嚴重時會出現眼睛刺痛、紅腫與癢的症狀。有異物感、充血、刺痛、畏光、流淚、眼睛張不開。